Eine Magnetische Signatur ist eine Störung des Magnetfeldes, die durch Magnetanomaliedetektoren aufgespürt werden kann. Sie tritt häufig bei großen metallischen Objekten wie U-Booten auf.
Die Magnetanomalien werden unter anderem dazu genutzt, Seeminen zu zünden, wenn das Boot diese passiert. So liegt es nahe, die magnetische Signatur möglichst klein zu halten. Einige Marineschiffe werden deshalb aus nichtmagnetischen Materialien gefertigt. Aber auch ein Schiff aus Aluminium oder Holz benötigt Teile aus magnetischem Material. Da diese Teile ebenfalls eine magnetische Signatur erzeugen, werden auf Marineschiffen MES-Anlagen (Magnetischer Eigenschutz) installiert. Diese Anlagen wirken der Störung mit Hilfe von aktiven Spulen entgegen, wodurch die Signatur verkleinert wird, allerdings nicht ganz unterdrückt werden kann.