Als Fäulnis wird die durch Mikroorganismen unter Sauerstoffmangel ausgelöste Zersetzung organischer Substanz bezeichnet.
Die bei Fäulnis entstehenden Stoffwechselprodukte sind meist selbst organische Substanzen, zum Beispiel Propionsäure, Essigsäure, Buttersäure, Ethanol und Amine. Viele dieser Verbindungen sind flüchtig und für den unangenehmen Geruch verantwortlich, der bei Fäulnisprozessen entsteht.
Steht genügend Sauerstoff zur Verfügung, werden organische Substanzen vollständig zu Kohlendioxid, Wasser und Harnstoff abgebaut. Dieser Prozess wird als Verwesung bezeichnet.