Das Festungsmuseum des SMCA wurde im Jahr 2000 im Hohen Stock der Festung Hohensalzburg völlig neu gestaltet und hat dafür den Österreichischen Museumspreis 2001 erhalten. Präsentiert werden Themen wie die Baugeschichte der Festung, Wohnen und Kochen im Mittelalter und der frühen Neuzeit sowie Waffen und Militärmusik. Über das Festungsmuseum gelangt man auch in die historischen Prunkräume der Festung.