Unter einer Kopplungsanalyse (engl.: linkage analysis) versteht man in der Genetik, ein Kartierungsverfahren für Gene. Dabei untersucht man von möglichst vielen genetischen Merkmalen eines Chromosoms, wie häufig sich diese bei Rekombinationsereignissen getrennt haben.
Gene auf verschiedenen Chromosomen trennen sich nach dem dritten Mendelschen Gesetz zu 50% Wahrscheinlichkeit. Zwei Gene auf einem Chromosom jedoch trennen sich seltener, man spricht von Genkopplung. Je näher die Gene liegen, desto unwahrscheinlicher ist die Trennung bei einem Rekombinationsreignis.
Anhand der vieler Kreuzungsexperimente über mehrere Generationen kann man die Wahrscheinlichtkeit der Trennung ermitteln. Diese gibt den relativen Abstand zwischen Genen an, der in centiMorgan (cM) gemessen wird. 1 cM ist der Abstand von zwei Genen, die nur in einem Prozent aller untersuchten Rekombinationen entkoppelt wurden. Da optisch auffällige Merkmale (Marker) nicht sehr häufig sind, nutzt man zur Kartierung molekulare Marker wie z. B. RFLPs, Mikrosatelliten und SNPs.
Sind Kreuzungsexperimente nicht möglich, etwa bei der Kartierung von Krankheitsgenen beim Menschen, so kann man auch anhand der Untersuchung von Stammbäumen (Stammbaumanalyse) eine Kartierung vornehmen. Dazu sind jedoch mindestens drei Generationen nötig und sehr viele Stammbäume.
Diese Auswertung erfolgt, je nach Datenlage, über mehr oder weniger komplizierte statistische Methoden.