Jemeljanenko gewann mehrfach die Schwergewichtsmeisterschaft der japanischen Mixed-Martial-Arts-LigaPride FC. Er wird in der Weltrangliste des MMA als Nr. 3 geführt. Des Weiteren gewann er schon mehrmals die Weltmeisterschaft im Sambo und ist auch amtierender Weltmeister. Die UFC wollte ihn unter Vertrag nehmen, kam aber zu keiner Einigung mit ihm. Stattdessen kämpfte er bei der nicht mehr bestehenden MMA-Organisation Affliction MMA (gehörte Donald Trump), wo er bei der ersten Veranstaltung "BANNED" gleich um den Wamma Schwergewichtsgürtel gegen den ehemaligen UFC Champion Tim Sylvia antrat und ihn innerhalb von 36 Sekunden zur Aufgabe zwang.
Sein derzeitiger MMA-Kampfrekord beträgt 31 Siege, 24 davon durch K.O. oder Aufgabe des Gegners. Lediglich vier seiner Kämpfe endeten für ihn in einer Niederlage, die erste davon durch Abbruch des Kampfes auf Grund einer Platzwunde (Cut über dem Auge). Die Wunde wurde ihm allerdings durch einen illegalen Ellbogenschlag zugefügt und der Kampf hätte entweder als nicht-wertbar oder Sieg durch Disqualifikation gewertet werden müssen. Da der Kampf aber Teil eines fortlaufenden Turnieres war, und Fjodor wegen der Verletzung den nächsten Kampf nicht antreten konnte, wurde sein Gegner, Tsuyoshi Kosaka, notgedrungen als Sieger erklärt, um den Fortlauf des Turnieres zu gewährleisten. Seine erste reguläre Niederlage durch Tap-Out wurde Fjodor von Fabricio Werdum zugefügt. Im Hauptkampf der Veranstaltung "Fedor vs. Werdum", ausgetragen von Strikeforce, gelang Werdum nach nur 28 Sekunden der ersten Runde ein Triangle-choke, der ihn zur Aufgabe zwang.
Fjodor Jemeljanenko ist Miteigentümer von M-1 Global.
Am 13. Februar 2011 musste Fjodor Jemeljanenko im Rahmen des Strikeforce Heavyweight World Grand Prix 2011 eine bittere Niederlage gegen den Brasilianer Antonio Silva hinnehmen. Dies war bereits der zweite verlorene Kampf hintereinander.
Daraufhin verkündete Jemeljanenko im anschließenden Interview seinen Rücktritt.
Dies wurde später von seinem Management widerrufen.
Der nächste Kampf fand am 30. Juni 2011 (VA Strikeforce 2011) statt. Der Gegner war Dan Henderson. Jemeljanenko verlor diesen durch TKO in der ersten Runde.
Am 4. Oktober 2011 wurde Jemeljanenko nach drei Niederlagen in Folge aus seinem Vertrag bei Strikeforce entlassen. UFC Präsident Dana White sagte dies am 4. August 2011 in MMA Weekly. Jemeljanenko erwiderte eine Woche später in einem Interview, dass er keinen Vertrag mit Strikeforce hatte und sein gegenwärtiger Vertragspartner Showtime ist und dass man Whites Kommentaren keine Beachtung schenken sollte. Aus zwei weiteren Kämpfen nach dieser Auseinandersetzung ging Jemeljanenko wieder als Sieger hervor.
Am 21. Juni 2012, hatte Fedor Emelianenko in St. Petersburg (Russland) seinen letzten Kampf beim M1 Global. Sein Kontrahent war Pedro Rizzo, dieser unterlag Fedor nach 1:24 Min. in der ersten Runde durch KO.
Nach dem Kampf, gab er offiziell seinen MMA-Rücktritt bekannt.
Dennoch wird er weiterhin dem Sport erhalten bleiben, als Präsident der "Russian MMA Union".
