San Juan County ist ein County im Norden New Mexicos. Er grenzt im Süden an den McKinley County, im Westen an die Countys Sandoval County und Rio Arriba County, im Norden an Colorado und im Westen an Arizona. Im County leben 113.801 Einwohner auf einer Fläche von 14281 km².
Gewässer
Der größte Fluss im County ist zudem der Namesgeber des Countys, der San Juan River. Ein weiterer Fluss ist der Animas River, der bei Farmington mit dem San Juan River zusammenfließt. Der größte See ist der Navajo Lake im Norden des Countys bei der Grenze zu Colorado.