Protocyte (auch: Procyte) ist die Bezeichnung für den Organisationstyp der Zelle von Prokaryoten; hierzu zählen die Bakterien und Cyanobakterien.
Im Unterschied zu der bei höheren Lebewesen vorhandenen Eucyte besitzen die Protocyten keinen echten, von einer Membran umschlossenen Zellkern. Die DNA liegt daher frei im Cytoplasma, so dass statt von einem Zellkern von einem Kernäquivalent gesprochen wird. Auch Mitochondrien und Plastiden fehlen.
Weitere Bestandteile sind stets oder häufig Plasmide, Ribosomen, Mesosomen, Geißeln, Pili, Vesikel sowie die Zellmembran und die Zellwand.
Protocyten können von weniger als 1 Mikrometer bis über 100 Mikrometer messen. Meistens erreichen sie jedoch nur eine Größe von 1 - 5 Mikrometer.