Diskussion:L-Gulonolactonoxidase

Schreibweise

Sie Schreibweise springt zw. L-Gulonolactonoxidase und L-Gulono-γ-lacton-Oxidase hin und her. Ist es sinnvoll, dass bei einem relativ komplexen Thema heterogen benannt wird? GEEZER^{... nil nisi bene} 23:49, 2. Nov. 2013 (CET)

Die Frage habe ich mir auch jedesmal gestellt, kam dann aber zu dem Schluss, dass ein bisschen Abwechslung und die Nutzung beider etablierter Schreibweisen vielleicht besser ist. Ich bin in der Frage aber grundsätzlich offen. --Kuebi [✍ · Δ] 10:07, 3. Nov. 2013 (CET)

In der Malerei, der Politik, der Religion und der Fussballberichterstattung kann man mit Begriffen ausweichen. Hier ist knochenharte Wissenschaft angesagt (den Zweitbegriff zwar erwähnen, aber den Hauptbegriff von vorne bis hinten durchziehen). Immer Karl-Heinz und Nadine im Kopf haben... :-) GEEZER^{... nil nisi bene} 10:56, 3. Nov. 2013 (CET)

Vergleiche mal hier - da ging es auch wild durcheinander. GEEZER^{... nil nisi bene} 17:21, 3. Nov. 2013 (CET)

Ich homogenisiere mal, du kannst es dir ja dann mal ansehen... GEEZER^{... nil nisi bene} 08:33, 5. Nov. 2013 (CET)

Literatur, Weblinks

Hallo, ich habe mich gefragt, ob die Abschnitte Literatur und Weblinks (falls vorhanden) nicht auch noch angebracht wären?! Grüße, XanonymusX (Diskussion) 15:53, 3. Nov. 2013 (CET)

Wenn ich etwas brauchbares (Buch) gefunden hätte, wäre es drin. Es gibt kein Buch, das sich explizit mit dem Enzym beschäftigt, aber einige Bücher, die sich auf ein paar Seiten mit dem Enzym auseinandersetzen. Vielleicht ein Buch über Skorbut? Die wichtigsten Weblinks sind in der Infobox drin. OMIM [1] könnte man allerdings unten nochmals bringen. Meinungen dazu? --Kuebi [✍ · Δ] 17:44, 4. Nov. 2013 (CET)

Kleinkram

• mg, kg - aber Gramm ... :-) GEEZER^{... nil nisi bene} 10:48, 5. Nov. 2013 (CET)
• Gulo ( 2 x GULO) ... ist damit immer das Gen gemeint? Da sehe ich "leichte Inhomogenitäten". GEEZER^{... nil nisi bene} 13:58, 5. Nov. 2013 (CET)

Zu letzterem: der Artikel ist ziemlich lang, welche Textstellen meinst du? --Gretarsson (Diskussion) 18:16, 6. Nov. 2013 (CET)

"Gene symbols generally are italicised, with all letters in uppercase (e.g., SHH, for sonic hedgehog). Italics are not necessary in gene catalogs. Protein designations are the same as the gene symbol, but are not italicised, with all letters in uppercase (SHH). mRNAs and cDNAs use the same formatting conventions as the gene symbol."

• L-Gulonolactonoxidase => GULO <= Protein= > OK
• Es wird deshalb GULOP (P = Pseudo) => OK
• anderen Gulo-positiven Säugern <= Gen (aber "klein" geschrieben (statt GULO)
• Gulo wird von vielen Organismen erst in einer späteren Phase ihrer Entwicklung exprimiert. <= Hier soll es das Protein sein, oder? Warum italics? Sollte GULO sein, oder?
• usw. usf. GEEZER^{... nil nisi bene} 19:03, 6. Nov. 2013 (CET)

Ah, OK, sorry, ich las „2 x GULO“ und dachte, du meinst 2 Textstellen, aber du meintest 2 Schreibweisen. Ich bin diesbezüglich den Text mal durchgegangen und hab soweit alles korrigiert.

• Dabei musste ich mich natürlich nach dem Kontext richten und bin davon ausgegangen, dass GULO in Verbindung mit „-positiv“ oder „-negativ“ sich auf das Protein/Enzym bezieht (so wie man Organismen beim Nachweis oder Nichtnachweis von Viren oder anderen Proteinen im Blut bezeichnet) und hab in diesen Fälle also GULO stets nicht kursiv geschrieben.
• Im Zusammenhang mit dem Begriff „exprimiert“ hab ich es immer kursiv geschrieben, da nur Gene exprimiert werden. Im Text ist das Teilweise unsauber gehandhabt (mgl. aus den Quellen übernommen) indem auch hinsichtlich des Enzyms von „Exprimierung“ die Rede ist/war. Das Enzym ist aber nur das Ergebnis der Exprimierung des Gens, das es kodiert, sprich: das Enzym wird dadurch produziert, dass das es kodierende Gen exprimiert wird - das wird offenbar oft gleichgesetzt ist aber nicht exakt das gleiche. Ich habe daher in Zusammenhängen in dem bei „Expression“ klar vom Enzym die Rede war, „Expression“ durch „Produktion“ ersetzt.
• Wenn von „Aktivität“ die Rede ist, ist es relativ schierig zu entscheiden, ob das Enzym oder das Gen gemeint ist, da sowohl Gen aktiv/inaktiv sein können als auch Enzyme chemisch aktiv/inaktiv sein können - mit prinzipiell gleichem Effekt. Ich hab mich konsequent für das Enzym entscheiden analog zu „-positiv/-negativ“. Falls es da etwas zu beanstanden gibt, bitte ändern.
• Hinsichtlich des Nachweises mittels Antikörpern bin ich auch mal davon Ausgagangen, dass diese Antikörper mit dem Enzym reagieren und nicht mit dem es kodierenden Erbmaterial.

--Gretarsson (Diskussion) 17:18, 8. Nov. 2013 (CET)

@Geezer: Mein lieber Freund und Kupferstecher, ich hab mich auf die Allgemeingültigkeit deiner Angaben zu Schreibweisen der Gen- bzw. Proteinkürzel oben verlassen. Jetzt muss ich feststellen, dass ich mich mit einem Großteil der eben vorgenommenen diesbezüglichen Änderungen schön zum KLOPS gemacht habe, weil die Konventionen bzgl. Groß-Kleinschreibung zwischen den Wirbeltiergruppen und sogar einzelnen Spezies variieren! Und nun? In anderen Arbeiten wird es offenabr so gehandhabt, dass nur menschliche Gene und Proteine kapitalisert geschrieben werden und tierische nicht. --Gretarsson (Diskussion) 18:16, 8. Nov. 2013 (CET)

Hab das jetzt entsprechend wieder geändert. --Gretarsson (Diskussion) 18:34, 8. Nov. 2013 (CET)

Ich habe oben als Frage formuliert (...oder?). Dann habe ich darauf hingewiesen, dass mal GULO, mal Gulo geschrieben wird.

Ich bin immer noch der Meinung, dass bei einem relativ komplexen Thema nicht "mal so, mal so" geschrieben werden sollte ... oder? Das "kleine Gulo" stand vorher nicht in "(GULO, Gulo oder GLO)," GEEZER^{... nil nisi bene} 12:13, 9. Nov. 2013 (CET)

• die bei allen Gulo-positiven Fischen
• Flughund (Pteropus vampyrus), der Gulo-negativ ist,

halte ich immer noch für suboptimal, aber was weiss ein Kupferstecher schon von Proteinen und Genen ;-) GEEZER^{... nil nisi bene} 12:22, 9. Nov. 2013 (CET)

Ach komm, jetzt spiel nicht den missverstandenen. Ich meinte die von dir wörtlich zitierte Passage aus der en:WP, deren Aussage aber, im Gegensatz zu dem, was du hier suggerieren wolltest, nicht allgemeingültig ist sondern ausschließlich im Zusammenhang mit menschlichen Genenen/Proteinen steht. Aber OK, ich bin letztlich selber schuld, dass ich nicht nachrecherchiert habe oder mich überhaupt um einen Aspekt hier im Artikel kümmere, der nicht unbedingt von Expertise meinerseits abgedeckt wird (Biochemie und Molekulargenetik ist nämlich nicht gerade mein Fachgebiet; nur soviel dazu).

Fakt ist, es gibt offenbar keine allgemeinverbindlichen Regeln was diese Schreibweisen anbelangt. In zumindest einer der Quellen (Lachapelle & Drouin, 2012) wird z.B., egal ob vom Protein oder Gen die Rede ist, „Gulo“ immer kapitalisiert und kursiv geschrieben. Ich hab es jetzt so gelöst, dass ich einer möglichen Konvention gefolgt bin, in der das Gen immer kursiv und das Protein immer nicht-kursiv und das menschliche Gulo immer kapitalsiert und das nicht-menschliche Gulo immer nur mit großem Initial geschrieben wird (daher jetzt auch die Schreibweise mit ausschl. großem Initial in der Einleitung). Das zieht sich konsequent durch den Artikel und das ist dann insofern auch konsistent. --Gretarsson (Diskussion) 14:45, 9. Nov. 2013 (CET)

Fehler in Stammbäumen

Betr: Abschnitt Höhere Organismen ohne L-Gulonolactonoxidase

Im Stammbaum der „Fische“ schließt die Klammer „Chondrichthyes“ das Neunauge mit ein. Das ist nicht korrekt. Neunaugen sind „Agnathen“. Außerdem ist Poylpterus, der Flösselhecht, falsch geschrieben („Polyoterus“). Die wiss. Taxonnamen im Stammbaum sind alle kursiv. Per allgemeiner Konvention dürfen aber nur Polypterus und Amia (da Gattungsnamen) kusiv geschrieben sein (oder umgekehrt: wenn alle andern Taxonnamen kursiv sind, die beiden Gattungsnamen nicht kursiv). Die Trivialnamen („Haie“, „Neunaugen“ etc.) sind im gleichen Schriftformat zu halten wie die wiss. Taxonnamen, die keine Art oder Gattung bezeichnen. --Gretarsson (Diskussion) 18:10, 6. Nov. 2013 (CET) P.S. Der Fehler bzgl. kursiv- vs. nicht-kurisv-Schreibung tritt in geringerem Maße auch in den anderen Stammbäumen auf. --Gretarsson (Diskussion) 18:49, 8. Nov. 2013 (CET)

Meerschweinchen

„Durch vergleichende DNA-Sequenzanalysen wurde der Zeitpunkt der Loss-of-function-Mutation des GULO-Gens bei Meerschweinchen auf einen Zeitpunkt von etwa 14 mya datiert. Dieser Wert passt zu dem Zeitraum der Abspaltung (Divergenzzeit) der Meerschweinchen von der Hamster-Ratte-Maus-Linie vor etwa 50 Millionen Jahren.“

Diese Passage enthält zwei bedeutende Unstimmigkeiten bzw. Fehler:

1. Der relativ krasse Widerspruch zwischen den 14 Mio Jahren und den 50 Mio Jahren (bislang keinem aufgefallen?). Das „passt“ m.E. überhaupt garnicht.
2. Die Tatsache, dass sich nicht die Meerschweinchen, sondern nur der gemeinsame Vorfahr der südamerikanischen Nagetiere von der Linie der (meisten) Altweltnager abgespalten hat. Die südamerikanischen Nager haben sich erst danach in Meerschweinchen, Capybaras, Agutis usw. aufgespalten. Das sollte sauberer formuliert werden. --Gretarsson (Diskussion) 17:37, 8. Nov. 2013 (CET)

Zu 1. Die Aussage passt sehr wohl, denn die entscheidende Mutation muss nach der Abspaltung von der Hamster-Ratte-Maus-Linie stattgefunden haben, also kürzer als 50 mya, aber selsbtverständlich nicht gleich danach, sondern irgendwo zwischen 50 mya und deutlich länger als 0 mya. Die 14 mya passen also. 60 mya hätten nicht gepasst. Zu 2. Das ist genau so formuliert, wie es die Quelle beschreibt. Sauberere Formulierungen bedürfen der entsprechenden Belege. --Kuebi [✍ · Δ] 19:53, 8. Nov. 2013 (CET)

Die Quelle [2] schreibt dazu: These estimates are consistent with previous phylogeny-based estimates. --Kuebi [✍ · Δ] 20:01, 8. Nov. 2013 (CET)

„Die Aussage passt sehr wohl, denn die entscheidende Mutation muss nach der Abspaltung von der Hamster-Ratte-Maus-Linie stattgefunden haben, also kürzer als 50 mya, aber selsbtverständlich nicht gleich danach, sondern irgendwo zwischen 50 mya und deutlich länger als 0 mya. Die 14 mya passen also. 60 mya hätten nicht gepasst.“

Ach, so war das gemeint. Sorry, aber meine Glaskugel war offenbar kaputt. Ist aber egal, denn ich hab mal einen Blick in beide zitierte Quellen (T’so, 1974, und Lachapelle & Drouin ,2012) reingetan: Die Angabe zum Divergenzzeitpunkt (50 mya) hätte garnicht extra aus T’sos alter Schwarte herausgesucht und zitert werden müssen, weil nämlich Lachapelle & Drouin (2012) selbst einen Divergenzzeitpunkt für den Split angeben, nämlich 72 mya! Und jetzt die Pointe: dieser Zeitpunkt dient als Referenz(!) für die Berechnung des Inaktivierungszeitpunktes! Heißt: Sowohl die fragliche Passage, wie sie z.Zt. (noch) im Artikel steht, als auch deine Rechtfertigung ihrer Formulierung von oben unter 1) sind kompletter Mumpitz. Von daher war’s sogar gut, dass die Passage so kryptisch formuliert war, sonst wäre nie rausgekommen, dass da Quark steht.

Was die Bezeichnung der Linien angeht: OK, machen wir’s mit extra Quelle. --Gretarsson (Diskussion) 01:33, 9. Nov. 2013 (CET)

Trockenprimat Mensch - Na und?

Reicht es nicht, dass der Mensch einen extra Abschnitt bekommt? Wikipedia ist eine Enzyklopädie und (auch wenn sie nur ihm gelesen wird) braucht man den Menschen nicht extra in jedem Kontext zum Trockenprimaten gesondert hervorheben. Das ist zudem redundant - und Bildunterschriften sollten ohnehin so kompakt wie möglich sein. --M★ister Eiskalt 15:09, 9. Nov. 2013 (CET)

Was genau ist dein Problem? Warum willst du Menschen unbedingt aus diesem Abschnitt „raus“ haben? Menschen sind eine Teilmenge der Trockennasenprimaten. Warum sollte also an passender Stelle nicht erwähnt werden, dass der Mensch aus dem gleichen Grund keine Ascorbinasäure produzieren kann, wie der Koboldmaki? Ich finde das eine sehr interessante Info, zumal die Koboldmakis traditionell bei den „Halbaffen“ eingeordnet wurden und es vor allem für ältere Leser eine überraschende Neuigkeit sein könnte, dass dies, aus u.a. den im Artikel dargelegten Gründen, nicht mehr so ist. Und so, wie es in der Bildunterschrift steht, ist es auch nicht redundnat, weil das, was dort explizit steht, im Fließtext nur implizit gesagt wird. Außerdem ist an dieser Stelle genug Platz für eine etwas ausführlichere Bildunterschrift. --Gretarsson (Diskussion) 15:44, 9. Nov. 2013 (CET)

Weil im Bild kein Mensch abgebildet ist, es die Bildunterschrift zu lang macht und wegen den oben genannten Begründungen. Von mir aus kann man das mit dem Halbaffen drinlassen, das hat immerhin etwas mir dem Bild zu tun, der Mensch muss jedoch in meinen Augen raus. --M★ister Eiskalt 15:53, 9. Nov. 2013 (CET)

Was? Natürlich ist es dem Leser klar. Nicht nur, weil der Mensch einen eigenen Unterabschnitt hat, sondern auch gleich 2x in den rechten Grafiken gezeigt wird. Das ist doch verständlich genug, ansonsten bitte 3M. --M★ister Eiskalt 16:14, 9. Nov. 2013 (CET)

Dass der Mensch mit den Affen verwandt ist („vom Affen abstammt“) weiß natürlich jeder. Aber in keiner der Grafiken rechts steht was von „echten“ Affen oder Anthropoidea (wiss.) also den systematischen Zusammenhängen bzw. Begrifflichkeiten, in denen sich Mensch und Koboldmaki befinden. Auch sind die Koboldmakis in keinem der Kladogramme enthalten. So klar, wie du behauptest, gehen die Aussagen der strittigen Bildunterschrift also weder aus dem Text noch aus den anderen Abbildungen hervor. Ich hab, ehrlich gesagt, kein Verständnis für dein fragwürdiges „Hygienebedürfnis“ bzgl. des Begriffes „Mensch“. Zieh von mir aus 3M hinzu, wenn es dich glücklich macht. --Gretarsson (Diskussion) 16:49, 9. Nov. 2013 (CET)

Ja, bitte, ich hab nämlich keine Lust hier um den heißen Brei herumzudiskutieren. --M★ister Eiskalt 17:20, 9. Nov. 2013 (CET)

Abbildung der phylogenetischen Zusammenhänge

Möchte einen Vorschlag zu den 4 Abb. machen: (a) die Erwähnung von Rot und Grün sollte vereinheitlicht werden und (b) ebendiese vereinheitlichten Bezeichnungen sollten in genau der Farbe unterlegt ("geschrieben") werden. Vorteil: Man liest den farbigen Text und weiss sofort, was wo in der Abb. gemeint ist. Ich habe so etwas bereits in anderen WP-Artikeln gesehen und empfinde es als "Versehenserleichterung" (bei einem relativ komplexen Thema). Meinungen? GEEZER^{... nil nisi bene} 17:35, 9. Nov. 2013 (CET)

Einverstanden. Ich find übrigens die Bezeichnung „phylogenetische Verteilung“ unschön. Ich fände eine Bildunterschrift mit der Formulierung „Verteilung des Merkmals Gulo-positiv bzw. Gulo-negativ im Stammbaum der...“ schöner, wobei ich hinter „Gulo-positiv“ bzw. „Gulo-negativ“ nur in der ersten Abbildung noch in Klammern die nähere Erläuterung „mit“ bzw. „ohne aktive(r) L-Gulonolactonoxidase“ setzen würde. --Gretarsson (Diskussion) 19:11, 9. Nov. 2013 (CET)

Kein Problem. Ich verändere mal morgen Vormittag die erste Abb. (was sind die Farbcodes des Grün und ROT?). Dann kucken wir, wie das aussieht, optimisieren und dann - Hollah, die Waldfee! GEEZER^{... nil nisi bene} 20:53, 9. Nov. 2013 (CET)

Na, aber sowas von! Zum farbigen Text siehe hier und zu den Farbcodes hier. Ich hab die Kladogramme nicht erstellt und kenne daher den exakten Farbcode nicht. Ggf. musst du den mit nem Grafikprogramm abchecken, oder Kuebi fragen. Cheers! --Gretarsson (Diskussion) 00:09, 10. Nov. 2013 (CET)

Gendefekt oder nicht?

Das mit der einzelnen Mutation seh ich ein, mit der Formulierung war ich auch nicht zufrieden. Mir ging's erstmal nur darum, eine logische Reihenfolge in den Absatz reinzubringen und die ist nunmal nicht gegeben, wenn man mit „Gendefekt“ anfängt ohne überhaupt erwähnt zu haben, dass Gulo in einem Gen kodiert ist.

Zum Begriff „Gendefekt“: Finde ich problematisch. Normalerweise ist der Begriff in Zusammenhang mit lethalen oder anderweitig nachteiligen Erbkrankheiten(!) und damit Abweichungen von der Norm in Gebrauch. Evolutionsbiologisch gesehen, also vom (mutmaßlichen) Ursprungszustand ausgehend, kann man da sicher von einem Gendefekt sprechen (das Gen funktioniert halt nicht mehr), aber da dieser „Defekt“ unter normalen Umständen keinen Nachteil sondern zudem mglw. sogar Vorteile bietet und er sich in bestimmten Kladen der Wirbeltiere - so klar durchgesetzt hat (dort also die Norm darstellt!), kann ich an dieser Veränderung des Genoms nichts nachteiliges entdecken. Skorbut tritt nur unter außergewöhnlichen Umständen bei extrem einseitiger Ernährung auf! Daher halte ich das eher negativ konnotierte Wort „Gendefekt“ nicht für die geeignete Vokabel. --Gretarsson (Diskussion) 19:33, 9. Nov. 2013 (CET) P.S. Ich würde auch von der Formulierung „Ein durch eine Mutation ausgelöster [...]“ weggehen und einfach von „Mutationen“ sprechen, sodass der „fortgeschrittene“ Fall Pseudogen dort schon mit einbegriffen ist. Es sei denn, man will den Spezialfall eines solchen Gendefektes bei Tieren, bei denen ein intaktes Gulo-Gen der Normalfall(sic!) ist, und dessen Nahrung von Natur aus nicht ascorbinsäurereich ist, hier mit einbezogen haben. Da dieser Spezialfall aber im ganzen Artikel irgends erwähnt ist, ist das wohl auch in der Einleitung verzichtbar. Stimmt ja garnicht, die Ratten und Mäuse mit den Knochenproblemen sind ja drin. --Gretarsson (Diskussion) 19:50, 9. Nov. 2013 (CET), edited by --Gretarsson (Diskussion) 20:22, 9. Nov. 2013 (CET)