Der Alatsee ist ein meromiktischer See 10 Kilometer von Füssen in Bayern entfernt. In 15-18 m weist er eine leuchtend rosa gefärbte Schicht von Purpur-Schwefelbakterien auf, die weltweit zu den ausgeprägtesten in Süßwasserseen gilt. Oberhalb dieser Schicht ist der Alatsee sauerstoffreich und von einer reichen Flora und Fauna besiedelt. Unterhalb der Schicht findet sich so gut wie kein Sauerstoff mehr im Wasser. Der für die Bakterien lebenswichtige Schwefelwasserstoff stammt nach neusten Ergebnissen nicht aus den Gipsschichten des umgebenden Gesteins. Isotopenmessungen mit Tiefenwasser haben ergeben, dass das Wasser dafür zu alt ist um durch Eintrag von aussen so hohe Schwefelkonzentrationen zu haben. Allerdings ist die Herkunft des Schwefels noch nicht geklärt. Tatsache ist, dass der Alatsee, im Gegensatz zu den meisen anderen Seen, im Winter keine Wasserzirkulation erfährt und so das schwefelhaltige Tiefenwasser seit tausenden von Jahren am Boden "liegt".
Luftwaffentechniker haben auf dem Alatsee während des Zweiten Weltkrieges mit Unterwassermodellen der Bachem Natter Aerodynamik-Versuche durchgeführt.
Unbewiesenen Gerüchten zu Folge wurden gegen Ende des Zweiten Weltkrieges Goldschätze der Deutschen Reichsbank, die zuvor auf dem Schloss Neuschwanstein gelagert worden waren, auf dem Grunde des Alatsees versenkt.