Baidoa (Baydhabo) ist eine Stadt in Somalia, Hauptort der Region Bay in Südwestsomalia. Die somalische Exilregierung, unter Staatspräsident Abdullahi Jusuf Ahmed, die sich derzeit (Juni 2005) in Kenia befindet, plant, diese Stadt zum Regierungssitz zu machen. Bis 1991 war die somalische Hauptstadt Mogadischu Regierungssitz; seitdem hat das Land keine Zentralregierung mehr.
Bei Kämpfen um die Stadt Baidoa zwischen verfeindeten Milizen kamen im Juni 1997 über 80 Menschen ums Leben. Baidoa ist derzeit (im Juni 2005) die einzige somalische Stadt mit funktionierendem Flughafen und Wirtschaft. Schon in den Jahren zuvor waren die Einrichtungen internationaler Hilfsorganisationen und ihre Mitarbeiter wiederholt Ziele terroristischer Anschläge.