Die Stadtbahn Zug ging mit dem Fahrplanwechsel am 12. Dezember 2004 in Betrieb. Sie benützt die bestehenden Bahnlinen der SBB, es wurden aber zusätzliche Haltestellen geschaffen. Das eigentliche Fahrzeug für den Betrieb der Linie 1 ist der SBB RABe 523 FLIRT. Bei Inbetriebnahme waren aber noch nicht genügend Fahrzeuge verfügbar, so dass ein RBD e560 mit Bt NPZ und einem B von der Thurbo (ehm. MThB) als Mittelwagen eingesetzt wurde. Der Übergang zwischen der S-Bahn Luzern/Zentralschweiz und der Stadtbahn Zug ist fliessend. Die Stadtbahn Zug zeichnet sich insbesondere aus durch ihre Rollstuhlgängikeit, grösszügigem Platzangebot für Fahrräder, Kinderwagen etc. in den FLIRT und dem modernen Fahrgastinformationssystem auf sämtlichen Bahnhöfen und Haltestellen. In den Zügen werden bei Bahnhöfen, wo Anschlüsse gegenüber weiteren Eisenbahn- oder Busverbindungen bestehen, die Informationen bereits im Zug bei jeder Ausstiegsplattform, angezeigt.

Linie 1: Baar–Zug–Cham–Rotkreuz–(Luzern)
- RABe 523 teilweise in Doppeltraktion. Inzwischen verkehren am Morgen ein Zug Luzern-Baar-Luzern und am Abend zwei Züge in Doppeltraktion. Zusätzlich wird am Morgen um 07.12 von Cham nach Zug ein DPZ der Zürcher S-Bahn als Entlastungszug (ohne Halt) eingesetzt.
- Neue Haltestellen: Baar Neufeld, Baar Lindenpark, Zug Schutzengel, Zug Chollermüli (Kollermühle), Cham Alpenblick, Hünenberg Zythus, Hünenberg Chämleten
- Hünenberg Chämleten kann nur von Zügen bedient werden die dort enden, weil nur das Stumpfgleis mit einem Bahnsteig ausgerüstet ist.
Es verkehren bis zu 4 Züge in der Stunde. Durch den einspurigen Abschnitt zwischen Cham und Rotkreuz, der auch von InterRegios der Strecke Luzern–Zürich befahren wird ist ein exakter 15-Minuten-Takt nicht realisierbar.
- täglich Baar–Hünenberg Chämleten
- 12 min später werktags Baar–Cham
- 18 min später täglich Baar–Luzern hält nicht in Baar Neufeld, Hünenberg Chämleten
- 16 min später Werktags Baar–Ebikon hält nicht in Hünenberg Chämleten
Linie 2: Zug–Walchwil–Arth-Goldau–(Erstfeld)
- RBDe 560 Pendelzug, wenn alle RABe 523 ausgeliefert sind wird auch diese Linie mit FLIRT betrieben.
- Neue Haltestellen: Zug Postplatz, Zug Fridbach
- Ein Zug in der Stunde.
- täglich Zug–Erstfeld