FMRIB Software Library
La FMRIB Software Library (con acronimo: FSL), che si può tradurre in italiano "libreria software per la risonanza magnetica funzionale", consiste in una serie di programmi che contengono strumenti per l'analisi delle immagini e programmi di statistica per l'analisi dei dati provenienti da immagini di risonanza magnetica funzionale, strutturale e di risonanza magnetica a tensore di diffusione.
Il programma FSL è disponibile sia come file binario pre-compilato che come codice sorgente disponibile sia per Mac OS X che per i PC (Linux, Windows Vista e XP). Viene concesso gratuitamente per l'utilizzo non commerciale.
Funzioni incorporate in FSL
| Functional MRI (Risonanza Magnetica Funzionale) | |
|---|---|
| FEAT | Analisi di fMRI basata su modelli con una interfaccia "GUI" facile ma potente: pre-processamento delle immagini (includente la correzione nel tempo delle ferre "slice timing correction", la correzione dei movimenti del paziente "MCFLIRT" ed il sistema di unwarping "PRELUDE+FUGUE EPI"); Analisi delle serie nel tempo col GLM "FILM" preceduto dal "prewhitening"; registratura d'immagini per immagini spaziali strutturali o standard; ed effetti di analisi dei gruppi generalizzati servendosi di effetti mescolati di analisi dei gruppi utilizzando tecniche d'inferenza bayesiana avanzate. |
| MELODIC | Analisi di FMRI che prescinde da modelli, dato che utilizza procedure definite "Analisi delle componenti indipendenti" (PICA). MELODIC stima automaticamente il numero di sorgenti interessanti di rumore e di segnale nei dati anche perché il "modello di rumore" associato, è in grado di assegnare significanze ("valori-p") alle mappe spaziali che vengono ricostruite. |
| FLOBS | Generazione di funzioni base HRF ottimali e di stime di attivazione bayesiana. |
| SMM | Spatial Mixture Modelling - Modellazione di Miscele Spaziali - test di ipotesi alternative utilizzando la modellazione di miscele di istogrammi con la regolarizzazione spaziale della classificazione in attivazione e non-attivazione. |
| MRI Strutturale | |
| BET /
BET2 |
Brain Extraction Tool - Strumento per l'Estrazione Cerebrale - che segmenta (separa) il cervello dal non-cervello in dati strutturali e funzionali, e fornisce una modellazione delle superfici del cranio e dello scalpo. |
| SUSAN | Riduzione del rumore non-lineare. |
| FAST | FMRIB's Automated Segmentation Tool - Strumento di Segmentazione Automatico - esegue la segmentazione del cervello (in diversi tipi di tessuto) e fa correzioni del campo di bias (bias field correction). |
| FLIRT | FMRIB's Strumento di Registratura delle immagini Lineare - redistratura lineare inter e intra modale. |
| FUGUE | Risolve le distorsioni geometriche nelle immagini EPI utilizzando mappe del campo B0. |
| SIENA | Analisi del cambiamento strutturale del cervello, per poter stimare l'atrofia cerebrale. |
| MRI in Diffusione | |
| FDT | Strumenti per la Diffusione della FMRIB - strumenti per la ricostruzione dei parametri di diffusione di basso livello e per la trattografia probabilistica. |
| TBSS | Tract-Based Spatial Statistics (parte degli strumenti di FMRIB per l'analisi delle immagini in diffusione) - analisi in base ai voxel (voxelwise) dei dati di diffusione in più soggetti. |
| Altri strumenti | |
| Inference | Diversi srumenti di inferenza/soglia, che includono: Randomise (attrezzo basato sulla permutazione per la determinazione della soglia statistica non-parametrica), Cluster (determinazione della soglia basato su gruppi che utilizza la teoria GRF per l'inferenza), FDR (false discovery rate inference), Glm (una interfaccia grafica per l'utente che serve a creare matrici di modello di design). |
| FSLView | Strumento interattivo per mostrare dati in 3D e 4D. |
| AVWUTILS | Miscelanea di dispositivi per convertire e processare immagini. |
Storia e sviluppo
FSL è stato scritto e viene portato avanti principalmente dai componenti del FMRIB (Functional Magnetic Resonance Imaging of the Brain) Analysis Group, sito nell'Università di Oxford, in Inghilterra. La prima versione del software FSL è uscita nel 2000; di solito in ogni è uscita una nuova versione. Il FMRIB Analysis Group viene finanziato principalmente dai concili di ricerca del EPSRC e del Medical Research Council del Regno Unito.
Note
Voci correlate
Collegamenti esterni
- (EN) FSL website
- (EN) FMRIB Analysis Group