FMRIB Software Library
La FMRIB Software Library (con acronimo: FSL), che si può tradurre in italiano "libreria software per la risonanza magnetica funzionale" , consiste in una serie di programmi che contengono strumenti per l'analisi delle immagini e programmi di statistica per l'analisi dei dati provenienti da immagini di risonanza magnetica funzionale, strutturale e di diffusione del tensore.
Il programma FSL è disponibile sia come file binario pre-compilato che come codice sorgente disponibile sia per Mac OS X che per i PC (Linux, Windows Vista e XP). Viene concesso gratuitamente per l'utilizzo non commerciale.
Funzioni incorporate in FSL
| Functional MRI (Risonanza Magnetica Funzionale) | |
|---|---|
| FEAT | Analisi di fMRI basata su modelli con una interfaccia "GUI" facile ma potente: pre-processamento delle immagini (includente la correzione nel tempo delle ferre "slice timing correction", la correzione dei movimenti del paziente "MCFLIRT" ed il sistema di unwarping "PRELUDE+FUGUE EPI"); Analisi delle serie nel tempo col GLM "FILM" preceduto dal "prewhitening"; registratura d'immagini per immagini spaziali strutturali o standard; ed effetti di analisi dei gruppi generalizzati servendosi di effetti mescolati di analisi de gruppi utilizzando tecniche d'inferenza bayesiana avanzate. |
| MELODIC | Analisi di FMRI che prescinde da modelli, dato che utilizza procedure definite "Probabilistic Independent Component Analysis" (PICA). MELODIC stima automaticamente il numero di sorgenti interessanti di rumore e di segnale nei dati anche perché il "modello di rumore" associato, è in grado di assegnare significanze ("valori-p") alle mappe spaziali che vengono ricostruite. |
| FLOBS | Generazione di funzioni base HRF ottimali e di stime di attivazione bayesiana. |
| SMM | Spatial Mixture Modelling - Modellazione di Miscele Spaziali - test di ipotesi alternative utilizzando la modellazione di miscele di istogrammi con la regolarizzazione spaziale della classificazione in attivazione e non-attivazione. |
| MRI Strutturale | |
| BET / BET2 | Brain Extraction Tool - Strumento per l'Estrazione Cerebrale - che segmenta (separa) il cervello dal non-cervello in dati strutturali e funzionali, e da una modellazione delle superfici del cranio e dello scalpo. |
| SUSAN | Riduzione del rumore non-lineare. |
| FAST | FMRIB's Automated Segmentation Tool - Strumento di Segmentazione Automatico - esegue la segmentazione del cervello (in diversi tipi di tessuto) e fà correzioni del campo di bias (bias field correction). |
| FLIRT | FMRIB's Linear Image Registration Tool - linear inter- and intra-modal registration. |
| FUGUE | Unwarps geometric distortion in EPI images using B0 field maps. |
| SIENA | Structural brain change analysis, for estimating brain atrophy. |
| Diffusion MRI | |
| FDT | FMRIB's Diffusion Toolbox - tools for low-level diffusion parameter reconstruction and probabilistic tractography. |
| TBSS | Tract-Based Spatial Statistics (part of FMRIB's Diffusion Toolbox) - voxelwise analysis of multi-subject diffusion data. |
| Other tools | |
| Inference | Various inference/thresholding tools, including: Randomise (permutation-based inference tool for nonparametric statistical thresholding), cluster (cluster-based thresholding using GRF theory for inference), FDR (false discovery rate inference) and Glm (a GUI for creating model design matrices). |
| FSLView | Interactive display tool for 3D and 4D data. |
| AVWUTILS | Misc utils for converting and processing images. |
Storia e sviluppo
Note
Voci correlate
Collegamenti esterni
- (EN) FSL website
- (EN) FMRIB Analysis Group