Hierarchical Data Format

Le Hierarchical Data Format est un ensemble de formats de fichiers permettant de sauvegarder et de structurer des fichiers contenant de très grandes quantité de données. Un fichier HDF est un conteneur de fichiers.

Les premiers formats HDF ont été développés au National Center for Supercomputing Applications, avant d'être développés par le HDF Group.

HDF désigne à la fois le format et l'ensemble composé des bibliothèques, des outils (dont l'outil de navigation et de manipulation HDFView) et des jeu de tests.

Les caractéristiques des formats HDF, ainsi que les bibliothèques pour les utiliser et les outils associés sont disponibles en licence libre (BSD). HDF est supporté par de nombreux langages : Java, MATLAB, IDL et Python.

Il existe principalement deux formats HDF : HDF4 et HDF5. Les fichiers HDF ont de nombreuses extensions : .hdf, .h4, .hdf4, .he4 (pour HDF4) .h5, .hdf5 et .he5 (pour HDF5).

HDF5

Le HDF5 améliore le HDF4. Il simplifie la structure des fichiers pour proposer seulement deux types d'objets :

les datasets ou ensemble de données, qui sont des tableaux multidimensionnels contenant des données ;
les groups ou groupes, qui contiennent, ou regroupent, des datasets et d'autres groupes.

L'utilisateur peut aussi définir une structure d'attribut pour ajouter des informations (des meta-données) sur chaque objet.

Cette structuration en datasets et groups donne au fichiers HDF5 une structure hierarchique (en l'occurrence arborescente), un peu comme un système de fichiers. Cette analogie avec un système de fichiers est aussi présente dans les conventions de nommage des objets du fichiers : le nom complet d'un objet du fichier HDF5 est construit comme un chemin dans un système de fichiers (/chemin/vers/le/fichier).

Interfaces

Il existe des interfaces de programmation pour manipuler des fichiers HDF via un langage de programmation ou un logiciel.

Interfaces du HDF Group

Autres interfaces

GNU Data Language
Huygens Software utilise HDF5 comme format de stockage depuis la version 3.5
IDL
JHDF5^[1], une autre interface Java
MATLAB utilise HDF5 comme format de stockage
Mathematica^[2] gère le HDF et les données dans les fichiers HDF5
Perl
Python^[3]
NetCDF utilise HDF5 depuis la version 4

Liens internes

Common Data Format (CDF)
Flexible Image Transport System, un format de données utilisé en astronomie
GRIB (GRIdded Binary), un format de données utilisé en météorologie

Références

↑ JHDF5 library
↑ HDF Import and Export Mathematica documentation
↑ http://code.google.com/p/h5py/

Liens externes

Outils

(en) Cet article contient des extraits de la Free On-line Dictionary of Computing qui autorise l'utilisation de son contenu sous licence GFDL.

Portail de l’informatique

[1] JHDF5 library

[2] HDF Import and Export Mathematica documentation

[3] ttp://code.google.com/p/h5py/

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