„Multilocus Sequence Analysis“ – Versionsunterschied
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Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch|BuchID=7ksrDwAAQBAJ|SeitenID=PT186}}).</ref> |
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Die MLSA kann auch mit dem [[Multlocus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> |
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Version vom 19. Dezember 2019, 14:26 Uhr
Multi-Locus Sequence Analysis (zu deutsch Multi-Locus-Sequenzanalyse, MLSA) ist eine biochemische und bioinformatische Methode der Phylogenomik zur Bestimmung von Verwandtschaftsgraden zwischen Arten und Unterarten, insbesondere von Prokaryoten.[1]
Eigenschaften
Die MLSA verwendet die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) zur Vermehrung von fünf bis sieben Haushaltsgenen, gefolgt von einer DNA-Sequenzierung der Haushaltsgene.[1] Die dadurch ermittelten DNA-Sequenzen werden in silico aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer DNA-Sequenzanalyse unterzogen.[2]
Die MLSA kann auch mit dem Multlocus Sequence Typing (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.[2] Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-rDNA verwendet.[2]
Literatur
- S. P. Glaeser, P. Kämpfer: Multilocus sequence analysis (MLSA) in prokaryotic taxonomy. In: Systematic and applied microbiology. Band 38, Nummer 4, Juni 2015, S. 237–245, doi:10.1016/j.syapm.2015.03.007, PMID 25959541.
Einzelnachweise
- ↑ a b Michael Goodfellow, Iain Sutcliffe, Jongsik Chun: New Approaches to Prokaryotic Systematics. ISBN 0128001763. S. 221.
- ↑ a b c Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria. ISBN 978-1-119-33210-7 (eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche).