요코하마 플뤼겔스가 1998 시즌 천황배 우승을 마지막으로 흡수 합병된 1999년에 플뤼겔스 팬들이 자신들의 사재를 들여서 창단한 뒤 일본 풋볼 리그 가맹 후 2년 연속(1999, 2000) 정상 탈환에 성공하면서 창단 첫 J2리그 승격을 이뤄냈고 그 후 J리그 디비전 2 2006 우승으로 J1리그 승격을 이뤄내며 요코하마 F. 마리노스와의 요코하마 더비를 성사시키는데는 성공했지만 그 해에 꼴찌에 머무르며 다시 J2리그로 강등되었다.
그 후 2008 시즌부터 2018 시즌까지 줄곧 J2리그에 머물러 있다가 J2리그 2019에서 준우승을 차지하며 13년만에 J1리그 복귀에 성공했으나 J1리그 2021에서 20팀 중 최하위에 머무르며 3년만에 J2리그로 강등되고 말았고 이후 현재까지도 J1리그와 J2리그 사이에서 승격과 강등이 계속해서 반복되고 있다.
J1리그
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피에르 리트바르스키
다카기 다쿠야
