Als Organsystem bezeichnet man eine funktionell zusammen gehörende Gruppe von Organen. Als Synonym für "System" hat sich der Begriff "Apparat" eingebürgert. Diese Gruppierung ist Grundlage der Systematischen Anatomie.
So werden zum Beispiel zum Verdauungssystem (oder Verdauungsapparat) alle Organe zusammengefasst, die der Aufnahme (Lippen, Mundhöhle), der Zerkleinerung (Zähne), dem Transport (Speiseröhre), dem enzymatischen Aufschluss und der Resorption der Nahrung (Magen-Darm-Trakt, Leber, Bauchspeicheldrüse) sowie der Ausscheidung (Rektum, Anus) nicht verwertbarer Restprodukte dienen.
Diese Einteilung berücksichtigt nicht, dass es natürlich zahlreiche Überschneidungen und Wechselwirkungen zwischen den Organsystemen gibt, also kein Organsystem unabhängig von den anderen agiert. So wird das Verdauungssystem durch Gefäße mit Blut versorgt (Herz-Kreislauf-System), durch Nerven gesteuert (Nervensystem), die Kotabgabe wird durch die Bauchmuskeln unterstützt (Bewegungsapparat). Darüber hinaus spielt es eine Rolle bei Abwehrvorgängen und ein Teil der resorbierten Nährstoffe wird über Lymphe abtransportiert (Lymphsystem).