5 % der Bevölkerung Indonesiens sind Protestanten (Stand 1998). Der Protestantismus ist eine offiziell anerkannte Religion. Die anderen anerkannten Religionen sind neben dem Islam der Katholizismus, der Buddhismus, der Hinduismus und der Konfuzianismus. Jeder indonesischer Staatsbürger muss für eine von diesen registriert sein.
Der Protestantismus traf in Indonesien während der Kolonisation Niederländisch-Ostindiens ein.
Auf der Insel Sulawesi sind 17 % der Bürger Protestanten, besonders in Toraja und Sulawesi Tengah. Bis zu 65 % der Bevölkerung von Toraja sind Protestanten. In manchen Teilen des Landes gehören ganze Dörfer zu einer bestimmten Konfession, wie dem Adventismus, dem Luthertum, dem Presbyterianismus oder der Heilsarmee. Es gibt zwei Provinzen mit einer evangelischen Mehrheit: diese sind Papua und Sulawesi Utara, mit jeweils 60 % und 64 % der Gesamtbevölkerung.
Gereja Injili di Tanah Jawa ist eine dem Mennonitentum verbundene Konfession. Huria Kristen Batak Protestant ist eine von Ludwig Ingwer Nommensen gegründete Konfession. Es ist die größte evangelische Konfession in Indonesien. Sie hat fast drei Millionen Gläubige.
Das Verhältnis der verschiedenen Religionsgruppen ist aufgrund der Politik der Transmigrasi und den dadurch bewirkten Bevölkerungsverschiebungen zunehmend von Spannungen geprägt. Auch Armut und Arbeitslosigkeit tragen dazu bei. Bei interreligiösen Auseinandersetzungen auf Sulawesi und den Molukken wurden v. a. in den Jahren 2001 und 2002 mehr als 600 christliche Kirchen vom Mob zerstört.