Kaiser Go-Saga (後嵯峨天皇) (1220 - 1272) war der 88. Kaiser von Japan (1242 - 1246). Er war ein Sohn Kaiser Tsuchimikados und sein Eigenname war Kunihito.
Nachdem sein Vorgänger Kaiser Shijo 1242 verstarb, ohne einen Kronzprinzen zu hinterlassen, gab es Streit um die Nachfolge. Der Thron blieb elf Tage lang verwaist. Dann bestieg Go-Saga den Thron auf Empfehlung des Shogunats.
Er war bekannt als starker Politiker. Nach seiner Entkronung begann er die Klosterherrschaft während der Regierungszeiten seiner zwei Söhne Go-Fukakusa und Kameyama. Er sandte einen Sohn nach Kamakura als Shogun - der erste sogenannte Prinz-Shogun'. Go-Saga auch bereite den Gegensatz der zwei kaiserlichen Linie, jede von beiden Sohn abstammten.
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