Liste der Flüsse in Bayern
- Donau
- rechte Nebenflüsse
- Iller
- Roth
- Günz
- Mindel
- Zusam
- Schmutter
- Lech
- Friedberger Ach
- Halblech
- Vils
- Wertach
- Senkelbach Stadtbach in Augsburg, gespeist aus Wertachwasser, fließt bei der Wertachmündung in den Lech
- Proviantbach Stadtbach in Augsburg, gespeist aus Lechwasser, fließt bei der Wertachmündung in den Lech zurück
- Paar
- Abens
- Große Laaber
- Isar
- Pfettrach
- Sempt
- Amper (Abfluss des Ammersees, Fortsetzung der Ammer)
- Glonn
- Würm (Abfluss des Starnberger Sees)
- Maisach
- Dorfen
- Moosach
- Eisbach Stadtbach in München, gespeist aus Isarwasser, fließt in die Isar zurück
- Auer Mühlbach Stadtbach in München, gespeist aus Isarwasser, fließt in die Isar zurück
- Loisach
- Jachen
- Rißbach
- Leutascher Ache
- Vils
- Wolfach
- Inn
- Linke Nebenflüsse
- rechte Nebenflüsse
- Main
- Quellflüsse
- Rechte Nebenflüsse
- Linke Nebenflüsse
- Chiemseezuflüsse
- Tegernseezuflüsse
- Sächsische Saale
- Bregenzer Ach