Wolfgang Amadeus Mozarts Messe in c-Moll KV 139 wird üblicherweise Waisenhausmesse genannt, in der Annahme, aber ohne Beweis, dass er sie zur Einweihung der Waisenhauskirche in Wien 7. Dezember 1768 komponiert hat. Tatsächlich ist sie 1768/69 entstanden, was sich anhand des Autographs (Wasserzeichen und Format) nachweisen lässt.
Des weiteren wird aufgrund der Programmfolge (Kyrie, Gloria, Credo, Sanctus, Benedictus, Agnus Dei) und der Besetzung angenommen, dass die Messe in c-Moll die erste von Mozart fertiggestellte Missa solemnis ist, eine Messe, die ein feierliches kirchliches Hochfest oder einen sonstigen besonderen Anlass begleitete.
Wie seit Anfang des 18. Jahrhunderts üblich, hat Mozart auch bei seiner Waisenhausmesse die einzelnen Sätze den Kantaten ähnlich komponiert: Arien, Duette und Chöre sind die äußeren Merkmale, wobei die beiden ersten Formen durchweg zweiteilig sind. Die Abschnitte Cum sancto spiritu im Gloria und Et vitam venturi saeculi im Credo sind als Fuge gesetzt – auch dies keine Abkehr von der üblichen Praxis.
Auf der anderen Seite hat Mozart das Benedictus und Agnus Dei sowie Domine Deus und Quoniam tu solus durch thematische Ähnlichkeiten miteinander verknüpft, während die Ähnlichkeiten bei Kyrie, Gloria und Credo eher im schnellen Tempo (Allegro) spürbar sind, während die stärkere Absicht beim gleichen Eingangsmotiv in diesen Sätzen demgegenüber in den Hintergrund tritt.
Stark kontrastierend wirken dadurch die langsamen Teile der Messe, die fast alle in Moll komponiert sind: Die Eröffnung des Kyrie (Adagio), das Qui tollis im Credo (f-Moll), das pastorale Et incarnatus est, die Pauken und Trompeten im Cruzifixus, die die Hinrichtung fast hörbar machen, schließlich die Trauer, die der Beginn des Agnus Dei verströmt.
Mozarts Waisenhausmesse zeigt aber auch eine starke Nähe zu Glucks Oper Orfeo, die 1762 uraufgeführt wurde, und ist auch sonst den Ausdrucksmitteln der Oper nicht fern – eine Kühnheit und ein Kontrast zum gängigen, die Mozart in seinen späteren Jahren gerne vermeidet