Multilocus Sequence Analysis - Versionsgeschichte

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Eigenschaften: + Vorarbeiten

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	== Eigenschaften ==		== Eigenschaften ==
	Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von mindestens fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch\|BuchID=7ksrDwAAQBAJ\|SeitenID=PT186}}).</ref>		Um ein eindeutigeres Ergebnis zu erhalten, wird meistens ein [[Klonen\|Klon]] per [[Ausstrich (Mikrobiologie)\|Ausstrich]] isoliert. Mit dem Klon wird eine [[DNA-Extraktion]] durchgeführt. Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von mindestens fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch\|BuchID=7ksrDwAAQBAJ\|SeitenID=PT186}}).</ref>

	Die MLSA kann auch mit dem [[Multilocus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />		Die MLSA kann auch mit dem [[Multilocus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />

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Eigenschaften: typo

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	Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von mindestens fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch\|BuchID=7ksrDwAAQBAJ\|SeitenID=PT186}}).</ref>		Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von mindestens fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch\|BuchID=7ksrDwAAQBAJ\|SeitenID=PT186}}).</ref>

	Die MLSA kann auch mit dem [[~~Multlocus~~ Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />		Die MLSA kann auch mit dem [[Multilocus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />

	== Literatur ==		== Literatur ==

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Eigenschaften: min.

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	== Eigenschaften ==		== Eigenschaften ==
	Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch\|BuchID=7ksrDwAAQBAJ\|SeitenID=PT186}}).</ref>		Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von mindestens fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch\|BuchID=7ksrDwAAQBAJ\|SeitenID=PT186}}).</ref>

	Die MLSA kann auch mit dem [[Multlocus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />		Die MLSA kann auch mit dem [[Multlocus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />

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Eigenschaften: typo

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	Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch\|BuchID=7ksrDwAAQBAJ\|SeitenID=PT186}}).</ref>		Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch\|BuchID=7ksrDwAAQBAJ\|SeitenID=PT186}}).</ref>

	Die MLSA kann auch mit dem [[~~Multi-Locus~~ Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />		Die MLSA kann auch mit dem [[Multlocus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />

	== Literatur ==		== Literatur ==

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	Die MLSA kann auch mit dem [[Multi-Locus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />		Die MLSA kann auch mit dem [[Multi-Locus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA\|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />

			== Literatur ==
			* S. P. Glaeser, P. Kämpfer: ''Multilocus sequence analysis (MLSA) in prokaryotic taxonomy.'' In: ''Systematic and applied microbiology.'' Band 38, Nummer 4, Juni 2015, S. 237–245, {{DOI\|10.1016/j.syapm.2015.03.007}}, PMID 25959541.

	== Einzelnachweise ==		== Einzelnachweise ==

Ghilt: HC: Ergänze Kategorie:Mikrobiologie

2019-12-19T07:36:27Z

HC: Ergänze Kategorie:Mikrobiologie

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	'''Multi-Locus Sequence Analysis''' (zu deutsch ''Multi-[[Genlocus\|Locus]]-Sequenzanalyse'', MLSA) ist eine [[Biochemie\|biochemische]] und [[Bioinformatik\|bioinformatische]] Methode der [[Phylogenomik]] zur Bestimmung von [[Verwandtschaftsgrad]]en zwischen [[Art (Biologie)\|Arten]] und Unterarten, insbesondere von [[Prokaryoten]].<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221">Michael Goodfellow, Iain Sutcliffe, Jongsik Chun: ''New Approaches to Prokaryotic Systematics.'' ISBN 0128001763 S. 221.</ref>		'''Multi-Locus Sequence Analysis''' (zu deutsch ''Multi-[[Genlocus\|Locus]]-Sequenzanalyse'', MLSA) ist eine [[Biochemie\|biochemische]] und [[Bioinformatik\|bioinformatische]] Methode der [[Phylogenomik]] zur Bestimmung von [[Verwandtschaftsgrad]]en zwischen [[Art (Biologie)\|Arten]] und Unterarten, insbesondere von [[Prokaryoten]].<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221">Michael Goodfellow, Iain Sutcliffe, Jongsik Chun: ''New Approaches to Prokaryotic Systematics.'' ISBN 0128001763. S. 221.</ref>

	== Eigenschaften ==		== Eigenschaften ==

Ghilt: '''Multi-Locus Sequence Analysis''' (zu deutsch ''Multi-Locus-Sequenzanalyse'', MLSA) ist eine biochemische und bioinformatische Methode der Phylogenomik zur Bestimmung von Verwandtschaftsgraden zwischen Arten und Unterarten, insbesondere von Prokaryoten

2019-12-18T23:03:17Z

'''Multi-Locus Sequence Analysis''' (zu deutsch ''Multi-Locus-Sequenzanalyse'', MLSA) ist eine biochemische und bioinformatische Methode der Phylogenomik zur Bestimmung von Verwandtschaftsgraden zwischen Arten und Unterarten, insbesondere von Prokaryoten

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'''Multi-Locus Sequence Analysis''' (zu deutsch ''Multi-[[Genlocus|Locus]]-Sequenzanalyse'', MLSA) ist eine [[Biochemie|biochemische]] und [[Bioinformatik|bioinformatische]] Methode der [[Phylogenomik]] zur Bestimmung von [[Verwandtschaftsgrad]]en zwischen [[Art (Biologie)|Arten]] und Unterarten, insbesondere von [[Prokaryoten]].<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221">Michael Goodfellow, Iain Sutcliffe, Jongsik Chun: ''New Approaches to Prokaryotic Systematics.'' ISBN 0128001763 S. 221.</ref>

== Eigenschaften ==
Die MLSA verwendet die [[Polymerase-Kettenreaktion]] (PCR) zur Vermehrung von fünf bis sieben [[Haushaltsgen]]en, gefolgt von einer [[DNA-Sequenzierung]] der Haushaltsgene.<ref name="books-UfexAwAAQBAJ-221" /> Die dadurch ermittelten [[DNA-Sequenz]]en werden ''[[in silico]]'' aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer [[DNA-Sequenzanalyse]] unterzogen.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186">Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: ''Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria.'' ISBN 978-1-119-33210-7 ({{Google Buch|BuchID=7ksrDwAAQBAJ|SeitenID=PT186}}).</ref>

Die MLSA kann auch mit dem [[Multi-Locus Sequence Typing]] (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" /> Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-[[Ribosomale DNA|rDNA]] verwendet.<ref name="books-7ksrDwAAQBAJ-PT186" />

== Einzelnachweise ==
<references />

[[Kategorie:Nukleinsäure-Methode]]
[[Kategorie:Bioinformatik]]